O programa do COMESA sobre imigração e livre circulação de pessoas consiste na promoção e implementação do Protocolo sobre a Flexibilização Gradual e Eventual Eliminação da Exigência de Vistos (Protocolo sobre Vistos), bem como do Protocolo sobre a Livre Circulação de Pessoas, Mão de obra, Serviços, Direito de Estabelecimento e Residência (Protocolo sobre a Livre Circulação).
O Protocolo sobre Vistos foi adotado em 1984. Baseia-se em dois elementos fundamentais: um regime de isenção de vistos de noventa dias e o acesso ao visto à chegada. O Quénia, Madagáscar, Malawi, Maurícia, Ruanda, Eswatini, Seicheles, Uganda, Zâmbia e Zimbabué estão a aplicar, em grande medida, o Protocolo, proporcionando o acesso a vistos de noventa dias e o acesso a vistos à chegada a, pelo menos, metade dos Estados membros do COMESA. As Maurícias, o Ruanda e as Seicheles renunciaram à obrigação de visto para todos os cidadãos do COMESA. Sendo a sede do Secretariado do COMESA, a Zâmbia emitiu, em 2013, uma circular que isenta de vistos e taxas de visto todos os cidadãos do COMESA em deslocações oficiais.
O Protocolo sobre a Livre Circulação foi adotado em 2001 pela Autoridade de Chefes e Estados do COMESA e está em vias de ser assinado e ratificado. O Protocolo sobre a Livre Circulação foi desenvolvido para facilitar a operacionalização do Mercado Comum do COMESA, com o objetivo de eliminar todas as restrições à livre circulação de pessoas, mão de obra e serviços e prever o direito de estabelecimento e o direito de residência. Até à data, pouco se avançou na sua assinatura e ratificação, e apenas quatro dos 19 Estados-Membros do COMESA assinaram o Protocolo.
Em 30 de maio de 2019, a Zona de Comércio Livre Continental Africana (ZCLCA) entrou em vigor, elevando para nove o número de acordos comerciais regionais reconhecidos pela União Africana. No entanto, apesar do facto de se tratar de um acordo comercial, o âmbito de aplicação da ZCLCA é suficientemente amplo para incluir a ajuda à circulação de capitais e de pessoas. Resta saber qual será o impacto deste acordo na aplicação do Protocolo de Livre Circulação do COMESA.